Riigikontroll leiab oma värskes auditis, et riigil ei ole pea kahekümne aasta jooksul välja kujunenud parimat praktikat sihtasutuste vormi kasutamiseks avalike ülesannete täitmiseks. Ühtlasi leiab riigikontroll, et riigil puuduvad üldpõhimõtted, millistel juhtudel asutada sihtasutus ja millistel juhtudel on avalikke teenuseid otstarbekas korraldada riigiasutuste kaudu. Domineerivaks on pigem valitsemisala ministeeriumi arusaam või päevapoliitilised eelistused, märgib riigikontroll. Kuigi seaduse järgi peaks riik sihtasutusi asutama avalike funktsioonide täitmiseks, mis ei ole otseselt seotud riigivõimu teostamisega ja milleks muud tegevusvormid ei ole sobivad, on praktikas riik sihtasutusi loonud väga erinevate avalike teenuste osutamiseks. Nii tegutsevadki sihtasutustena Eesti suurimad haiglad (Tartu Ülikooli Kliinikum, Põhja-Eesti Regionaalhaigla), Euroopa Liidu toetuste jagajad (Keskkonnainvesteeringute Keskus, Archimedes, Ettevõtluse Arendamise Sihtasutus), mitmed kultuuriasutused (muuseumid, teatrid) ning kohaliku elu edendamisega tegelevad organisatsioonid (maakondlikud arenduskeskused, spordirajatiste haldajad). Lõppenud aasta seisuga teostas riik asutajaõigusi rohkem kui 70 sihtasutuses, seejuures sihtasutuste arvu järgi on suurimaks asutajaõiguste teostajaks kultuuriministeerium. Kultuuriministeerium on olnud ka viimaste aastate kõige aktiivsem sihtasutuste asutaja. Kokku maksti 2012. aastal sihtasutustele riigieelarvelist toetust 114,4 miljonit ja 2013. aastal 126,7 miljonit eurot. Need näitajad ei sisalda ELi toetusi, mida mitmed sihtasutused vahendavad. Samas näitas audit, et vaatamata isevooluteed kulgenud arengule riigis on sihtasutused põhikirjalisi eesmärke täitnud ja riigilt saadud raha üldiselt eesmärgipäraselt kasutanud. Lisaks selgusele, milliseid avalikke ülesandeid peaks riik korraldama sihtasutuste kaudu, vajab riigikontrolli hinnangul siiski senisest suuremat läbipaistvust riigi eelarvest sihtasutuste rahastamine. Kuna sihtasutused tegutsevad väga erinevate eesmärkide elluviimisel, on selge, et ei ole võimalik kokku leppida ühetaolises rahastamismudelis kõikidele sihtasutustele. Auditis leidis aga riigikontroll probleeme nii kehtivatest reeglitest kinnipidamise kui ka hägusate reeglitega. Peale selle on sihtasutustest kujunenud omakorda ministeeriumide rahastamise allikas. Auditi käigus sai riigikontroll ühest ministeeriumist järgmise selgituse: seadusega pandud tegevuste tarbeks meile riigieelarvest raha ei eraldatud, aga sihtasutusele oli selleks tegevuseks võimalik toetust anda. Riigikontrolli hinnangul ei aita selline rahaplaneerimine kindlasti kaasa riigieelarve läbipaistvusele.